1661年八月，一个来自土鲁番西部的噩耗传遍整个叶尔羌汗国，也震惊了其国内所有的贵族和军民。

七月二十六日，阿不都拉哈汗率领的汗国大军讨伐入侵的准噶尔部军队，两军在铁门关西北处的戈壁滩交战，战斗持续了一天一夜，最终叶尔羌军队大败，阿不都拉哈汗在蒙古骑兵的追击中被乱箭射杀，身首异处。

准噶尔台吉僧格为了报十几年前的那场惨败之仇，将阿不都拉哈汗的头颅割下，居然残忍的将他的颅骨制成酒器，外表镶嵌白银，在随后的庆功酒宴上当众使用可汗牌酒器畅饮。

消息传开，整个叶尔羌汗国一片哗然，而随着越来越多溃兵从战场上生还，逃入附近的城市，这场灾难性的会战的更多细节也逐渐浮现在众人的视野之中。

在这场会战中，准噶尔部以驼城大破叶尔羌汗国，在叶尔羌军队动摇之际，战场上几乎没有太大伤亡的来自东方的汉人军队最先撤离战场，随着汉人军队的撤离，就好似一个导火索一般，整个叶尔羌军队随即产生了溃败的浪潮。

眼见叶尔羌军队溃败，僧格当即下令骑兵出击，如排山倒海一般冲向混乱的叶尔羌军队，叶尔羌军队随即大败，阿不都拉哈汗一边咒骂着背叛他的汉人，一边带着卫队撤离，但他很快被蒙古骑兵追上，并以乱箭射杀。

这些细节被披露后，汉人一下子成为了叶尔羌汗国内部的众矢之的，从战场上最先撤离的周军一路向东而去，意图先返回瓜州将定居在那一带的亲属一同带上。

然而他们的回家旅程非常艰难，在战场上的细节被披露后，沿途的叶尔羌军队都开始自发的袭击阻截周军，周军不愿将宝贵的时间浪费在和那些叶尔羌军队交战上面，因此他们在击退袭击的敌人后仍然继续前进。

另一边，阿不都拉哈汗战死后，本就不稳的叶尔羌汗国内部开始出现更大的分歧，阿不都拉哈汗长子在白山派和卓的拥护下继承可汗之位，号尤勒巴尔斯汗，白山派的权势因此得到膨胀增长。

白山派的壮大引起了黑山派的不满，在失去了可汗的制衡后，黑山派和卓决定以武力对抗权势滔天的白山派，领导叶尔羌、叶城黑山派起义，拥立阿不都拉哈汗之弟为汗，号伊思玛业勒汗。

至此，在阿不都拉哈汗战死后的短短不到两个月时间内，叶尔羌汗国迅速分裂成两个部分，分别由尤勒巴尔斯汗与伊思玛业勒汗统治。

白山派与黑山派虽然同为绿教，但其支持的教义不同，视对方为邪恶的异教徒，仇恨无法弥合，双方因此丝毫不顾及还在土鲁番肆虐的准噶尔部和攻打苦峪的夏军，相互攻伐，让叶尔羌汗国的实力在内战中不断消耗。

叶尔羌汗国分裂的同时，准噶尔部也携大胜之军攻克土鲁番城，僧格珲台吉的威望一时间迅速攀升，而在前线，在得知阿不都拉哈汗战死，土鲁番城又被准噶尔部攻破的消息，土鲁番阿奇木下令停止抵抗，开城向夏军投降。

夏军占领苦峪城后，并没有立即停止攻势，而是继续向西前进，在周军赶来之前就先行占领了瓜、沙二州，将定居在这一片的汉人尽数收服，并生擒了吴应期的妻妾和孩子们。

当这一消息传到吴应期耳中时，他险些气疯，军中将士也因为家属落入敌手而军心动摇起来。