郑玄虽然已经学富五车，但毫不满足。

当他感到关东（指函谷关以东）学者已经无人再可请教时，便通过友人卢植离开故土，千里迢迢西入关中，拜扶风人马融为师。

马融是当时最著名的经学大师，学问十分渊博，曾遍注儒家经典，使古文经学达到日臻成熟境地。

马融的门徒上千，长年追随在身边的就有四百余人，其中优秀者亦达五十人以上。

马融为人骄贵而讲究，虽然门徒众多，但只亲自面授少数高足弟子，其余则由这些高足弟子转相授业。

郑玄投学门下，三年不为马融所看重，甚至一直没有机会能见马融一面，只能听其高足弟子讲授，但郑玄并未因此而放松学习，仍旧日夜寻究诵习，毫无怠倦。

有一次，马融和他的一些高足弟子在一起演算浑天问题，遇到疑难而不能自解。

这时，有人说郑玄精于数学，马融闻知，于是就召郑玄相见。

郑玄当场很快就圆满解决了这一疑难问题，使马融与在场弟子惊服不已，马融对卢植说：“我和你都不如他！”

自此以后，马融对郑玄十分看重，郑玄便把在平时学习中发现而未解决的疑难问题一一向马融求教，对于篇籍的奥旨寻微探幽，无不精研，终得百尺竿头更进一步。

郑玄跟马融学习七年，因父母年迈需要归养，就向马融告辞返回故里。

马融此时已经感到郑玄是个了不起的人才，甚至会超过自己，深有感慨地对弟子们说：“郑生今去，吾道东矣！”意思是说，由他承传的儒家学术思想，一定会由于郑玄的传播而在关东发扬光大。

已经四十多岁的郑玄已成为当世精通今古文经学的大师，百家之学无所不通。

他从马融那里学成回乡后，远近有数百上千人慕名投到门下，拜他为师，听他讲学。

当时他家里还很贫穷，便“客耕东莱”，一面种田维持生计，一面教授门徒。

受“党锢之祸”牵连，郑玄从四十五岁被禁锢，到五十八岁才蒙赦令，前后长达十四年。

在此期间，他打破了经学的家法，注释与著书“几百余万言”，创立了“郑学”，在中国经学发展史上做出了无与伦比的杰出贡献。

“郑学”逐渐成为“天下所宗”的儒学，郑玄也因此盛名远播。

黄巾起义爆发后，朝廷被迫大赦党人。

解除党锢禁令后，朝廷对郑玄的大名已早有所闻，于是争相聘请他入朝担任要职。

但郑玄求名而不求官，羞与外戚阉宦为伍，不愿涉足仕途，乃屡拒征辟，一心一意从事著书讲学。