“其实不记得高中生活也没什么大不了的。”吕笑歌的友人说，但是吕笑歌自己也不知道为什么，就是十分执着地想要把那段记忆找回来。
之后是吕笑歌按部就班的平淡生活。吕笑歌有一个女朋友，但是两个人不常见面，见面的时候就做爱，可两人的做爱总是显得机械又苍白。胡芽对这段的处理是完全性冷感的，明明拍摄的尺度很大近乎情色，但是观众看到的时候却一点也不觉得激动。尤其是每次做爱都在吕笑歌的家里，而吕笑歌的家的布置却格外的“荒凉”。空荡荡的屋子中间停着的一张床，冰冷的类似病床的铁杆子床头床尾，以及每次做爱做的时候发出的咯吱咯吱的声音都只会让人联想到病态而非浪漫。吕笑歌和女朋友每次都是一样的姿势，结束后是一样的各自躺在一边望着天花板，然后女朋友起身，浴室里传来洗漱的声音，床头传来闹钟滴答滴答带有回响的声音，然后是水从下水道漏走的声音，女人穿衣服的声音，最后是关门声。
这个部分差不多赶走了一大部分讨厌这部片子的人，但又让喜欢这部片子的人重看了一次又一次，不少影迷表示“每看一次就会有新的发现”。几次上床的时候闹钟指向的时间虽然大致是相同的，但秒钟指向的不同代表的含义，床头铁栏杆倒影的含义，下水道发出了几声轰鸣的含义等等，光这些细节就被人做了各种解析，并普遍认为这是胡芽的神来一笔。总之，当这漫长的一段过去后，已经是吕笑歌在派出所看到又一具尸体的时候，这一次死亡的竟然是那个曾经出现在范春追悼会上频频擦拭眼睛的老妇人，她是被人杀死的，并且凶手还残忍地剜去了她的眼睛，割去了她的耳朵。
这天晚上，吕笑歌第一次梦到了比较清晰的场景。在这个场景中，他回到了高中校园。空荡荡的学校里闪烁着夕照独有的昏黄光芒，他爬上楼梯，找到自己曾经的教室，也找到了自己曾经坐过的课桌，在倒数第二排。然后像是变魔术一般，镜头呈现出一张空荡荡的桌子上突然变出了一个颜色鲜艳的铅笔盒。那是一个印着格外花哨图案的铅笔盒，吕笑歌不知道为什么，当他看到这个铅笔盒的时候居然产生了恐慌的心理。一阵铃声响起，他被吓醒了。
之后又是治疗，吕笑歌第一次回忆起了几年前发生的让他心理受创的案件，在那起案子中有一个小女孩由于受到校园霸凌而选择了死亡。明明是让人心情沉重的片段，胡芽却用了十分浪漫的手法，他大胆地运用了定格动画，以瓷器作为媒介，将小女孩比喻成一株和其他植株不同的花朵，最后她被狠狠摔碎了。
吕笑歌在接受心理治疗的时候发现自己又一次来到了高中校园里，走到了那张课桌旁。他又一次看到了那个铅笔盒，这一次他哆嗦着手放到了铅笔盒上，一抬头，忽然看到正前方的黑板上贴着好几张照片，每一张都是遗像。
吕笑歌再次被光照醒，他向毛阆复述了自己所见，毛阆也十分意外，让他试着根据回忆画下那些人的相片。吕笑歌努力回忆，逐一画下了几个人的照片，然后毛阆很快替他拿回了结果：“这些人都已经被杀死了。”
在差不多五年的时间里，这五个人在不同的地方逐一死去，有的是交通意外，有的是自杀，也有的被抢劫犯杀死，然而奇怪的是，所有人的尸体都有一个同样的现象，那就是眼睛被剜去或是毁坏了，耳朵也同样。没有联系在一起看的时候或许只觉得这是巧合，但是当连成了一条线便会发现，这所有的一切都透露着不寻常。更令人感到惊讶的是，这些人都同样来自吕笑歌曾经就读的那所高中，包括那个老太太，她曾经是校体育仓库的管理员。
吕笑歌敏锐地发现这其中深藏秘密，而范春可能也是被杀害者其中的一员。他开始回到自己就读的高中调查，在那里，他碰到了曾经在追悼会上遇见的白发苍苍的老者，这才发现此人竟然曾是自己高中时候的班主任。班主任对吕笑歌的出现反应很奇特，晚上班主任约吕笑歌吃饭，没头没尾地扯了些东西，吕笑歌被灌醉了，等到他醒来的时候，班主任也死了。同样被割去了耳朵，捣烂了眼睛，这一次甚至还被割掉了舌头。
吕笑歌被当成嫌疑人带进了警局，好在警方并没有找到他的杀人动机和凶器，把他放了出来。吕笑歌浑浑噩噩地走在街上，晚上决定重回高中看看，结果在那里碰到了追悼会上那个油头粉面的中年男子，中年男子见到吕笑歌吓得魂飞魄散，掉头就拼命逃跑。吕笑歌觉得他可能知道些什么因而追了上去，中年男子却在惊吓之下神经错乱，从高处跌落死亡，死前大喊着：“别过来，杀人犯！”
吕笑歌因为受惊过度，再次失去了意识。这一次，他再度回到了高中课堂里，他坐在了自己的椅子上，一身的冷汗，面前是一个铅笔盒，手里却是一把钥匙。这一次，吕笑歌终于看清，原来这个铅笔盒是带锁的，他哆哆嗦嗦地将钥匙插进了锁孔，伴随着“咔哒”一声，他打开了那个铅笔盒。吕笑歌将铅笔盒翻开，明亮的铁质盒盖上倒映出了一双好看的眼睛，多情而忧郁……
故事的正片到此结束，此后是一段漫长的片尾，在制作组的名字旁边是一幕幕支离破碎的画面，陈旧的体育器材仓库，少年们残酷的笑声，翻倒的跳马，野兽一般的喘息，杀人的瞬间，急刹车的声音，明亮的车灯，血流淌的声音……当一切静止的时候，灰蓝色画面中出现的是一间空旷的房间，房间中央是一张床，吕笑歌穿着病人的衣服坐在床边，腰杆笔直，手里拿着一个合拢的铅笔盒翻来覆去地看。毛阆进来，跟他说了几句话，掀开他的眼皮用光照了照，然而吕笑歌并没有任何的反应，末了，毛阆摇了摇头，离开了。
门咔哒一声关上，剩下了吕笑歌一个。
灯光“啪嗒”一声暗下来，然后太阳的光线移动过来，吕笑歌出现在了荒野之中，他坐在一张课桌前，远处是一间小屋子，他吐出舌头下面藏着的钥匙，打开了面前的铅笔盒，盒子里映照出了一双多情又忧郁的眼睛，范春弯下腰，在吕笑歌耳边说了些什么，然后，吕笑歌笑了……
全片结束。
关于这部片子到底在讲什么，人们在后来形成了一个主流共识，那就是范春作为一个同性恋，深爱着吕笑歌，但他不敢表达，这个感情丰富又内向害羞的男孩子只敢坐在后排偷偷地注视着自己喜欢的这个男孩子，而吕笑歌却并不是不知情的，每当他打开铅笔盒，便能从镜子中看到自己身后那双多情又忧郁的眼睛。但是那个年代对于同性恋还十分严苛，范春的性向不知怎么被人发现了，一群男孩子将他带到体育仓库里欺负了他，班主任生怕影响自己的教学生涯，串通管仓库的女后勤瞒下了这件事，或许还捏造了什么（所以才会被割去舌头），结果导致范春精神失常，发了疯，最后自杀而死。
吕笑歌出于愧疚，开始利用职务之便报复当年害死范春的人，在这过程中，他逐渐丧失了理智，直到成为了一个精神病患者，生活在了自己的世界里。他以为自己还在当警察，以为毛阆是他的精神科医师，却不知道由于杀人罪名他早已住进了精神病院，然而警方始终没找到被他杀死的人的确切数目和遗体所在，直到他在自己的精神幻觉里看到了那些遗像，然而这又如何呢？他终究和范春“在一起”了啊。